以下、ｔｅｒａさんのサイトより転載

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解凍したて出来たファイル群を自分のサイトにアップロードします
public_htmlフォルダーの中身をWEBブラウザでアクセスできる部分へ、その他はWEBブラウザでアクセス出来ない部分へアップロードします
アップロードに最近は>>FileZilla　を利用させていただいてます
public_htmlフォルダーの中身のアップロード先は、例えば
さくらインターネットの場合、ドメインの設定で設定したファオルダー
Xreaの場合、サーバーアカウントの登録・管理・購入からWEBをクリックして開く、ドメイン情報入力で設定したドメイン名のフォルダー
になります。この中に解凍して出来たpublic_htmlフォルダーの中身（public_htmlは不要）をアップロードします
その他のファイルは
さくらインターネットの場合、WWWフォルダーと同じ階層に適当なフォルダーを作って
Xreaの場合、public_htmlフォルダーと同じ階層に適当なフォルダーを作って
アップロードします

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Thank you，ｔｅｒａさん．

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この辺はwikiやガイド本の「図解」で見た方がわかりやすい。

http://wiki.geeklog.jp/index.php/InstallInstruct14

ぬいいとさんはホームページビルダーに付随しているＦＴＰツールを利用。

当初、途中に不具合があったが

「ファイル転送設定の転送モード自動判別設定でPHPとTHTMLを追加し、詳細設定でパッシブモードで接続を行うにチェックすればOKでした」（ｂｙ ｔｅｒａさん）

とのアドバイス通りに作業するとすんなり。( ´ー`)

他のＦＴＰツールの使い心地がわからないので何とも言えないが

これでとうざのところ不自由がないので、今もこれで通している。